化療藥物會引起不同的副作用，根據藥物的種類、使用時間的長短和病人體質等因素，副作用的程度也不一樣。化療最常見的副作用包括：噁心、嘔吐、疲倦和掉頭髮等，白血球數量減少和肝功能障礙等，必需要從檢查報告中才可以呈現出來。
一般的化療藥物會針對積極進行分裂的細胞發揮作用，因此，對增殖旺盛的癌細胞才有效果。不過，化療藥物同時也會影響分裂較快的正常細胞，如骨髓細胞、毛髮細胞、消化道黏膜細胞、生殖細胞等。正因為這樣，癌症病人會出現白血球或血小板下降、掉頭髮、肚瀉等副作用。
如化療期間持續出現以下症狀，應立即與醫生聯絡。
出現發燒（38度以上）或排尿時疼痛等的疑似感染症狀
持續肚瀉
大範圍的口腔發炎
持續的噁心感，無法進食
貧血現象，如暈眩、腳步不穩、容易疲倦等
容易出血且不易止血
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